Mientras era Capitán, llevaba siempre unas gafas de pasta y un peinado con la ralla en medio, dándole, en general, un aspecto amable. Pero, una vez reveladas sus verdaderas intenciones, cambia su aspecto rompiendo sus gafas y peinándose el pelo hacia atrás, dejando tan sólo un mechón que cae por su frente.
A pesar de su actual estado como villano y su anterior estatus de autoridad, Aizen es soprendentemente educado, con voz suave y suele dirigirse a sus subordinados por su nombre. Raramente muestra signos de alarma o de angustia y, normalmente, tiene las situaciones planeadas con anterioridad.
En un principio, parecía ser un Capitán amable y respetado, especialmente por su Teniente Hinamori. Sin embargo, esto tan sólo era una máscara para disimular su peligrosa y manipuladora naturaleza. En realidad, no se preocupa para nada de sus subordinados y es capaz de usarlos para conseguir cualquiera de sus objetivos. En sus propias palabras, Aizen no se ve afectado por ningún tipo de moral o ética.
Durante su tiempo como Capitán, se sabe que le gustaba el tofu, pero no le gustaban los huevos cocidos. En su tiempo libre, solía leer y dar clases de lectura de caligrafía en la Academia de Shinigamis. Este curso especial, era muy popular entre los estudiantes.
Una vez que fue comandante de los Arrancar, controla a sus subordinados mediante el respeto o el temor. El Arrancar Aisslinger dijo que seguían a Aizen porque no tiene miedo. Otros Arrancars también lo siguen por razones únicas para ellos.
Gin Ichumaru parece ser que es el único que puede “ver a través” de la manipulación de Aizen. Ichimaru ha mostrado que entiende y sabe reconocer las emociones de Aizen, como por ejemplo cuando estaba disfrutando con la invasión de Ichigo en Hueco Mundo.
Más adelante, tal y como explica Urahara, desde que Aizen controla el Hougyoku, se ha vuelto más incauto en batalla y Aizen admite que sus nuevos poderes le permiten bajar la guardia. Como queda demostrado, con esta nueva evolución, Sousuke se vuelve más arrogante y con complejo de superioridad, creyéndose que está por encima de los Shinigamis y Hollows.
Ya desde hace mucho tiempo Aizen estaba planeando su traición a la Sociedad de Almas. Para entonces era el Teniente de Hirako Shinji. Acude a la ceremonia de ascenso de Urahara, junto a varios Capitanes.
Escucha una conversación donde se menciona la existencia de la División Cero, la Guardia Real y la mención del ascenso de la Capitana Kiro Hikifune. Este tema parece que le atrae.
Más tarde Hirako le descubre mientras escuchaba una conversación entre él y Urahara.
También conoce a Gin, un niño prodigio que había aprobado la Academia de Shinigamis en tan sólo un año. Aizen presencia como Gin mata al Tercer Oficial de la División.
Años más tarde, Aizen acompaña a Hirako a informar a Kisuke sobre las desapariciones que han tenido lugar en el Rukongai. Ante este problema, la 9ª División es enviada a investigar.
Los miembros de esta División y su Capitán Kensei son derrotados misteriosamente. Yamamoto decide enviar a varios Capitanes para investigar lo que está sucediendo. Allí se encuentran a un Kensei que está prácticamente transformado en Hollow.Comienza a atacarles y a él se une su Teniente Mashiro, que también estaba transformada en Hollow. Necesitan detenerlos sin matar a ninguno de los dos.
Pero poco a poco los Capitanes van cayendo derrotados y se descubre que Tousen Kaname era el responsable de todo esto, a las órdenes de Aizen.Éste último aparece junto a Gin y le explica a Hirako que durante todo este tiempo el Aizen que había estado junto a él no era más que un Aizen falso.
Los Capitanes empiezan a transformarse en Hollows y cuando Aizen se dispone a rematarlos, aparecen Urahara y Tessai. Después de una pequeña disputa, donde Aizen demuestra parte de su verdadero poder a pesar de ser un Teniente, Tessai se ve forzado a utilizar una técnica prohibida para transportarlos al cuartel de la División 12, donde Urahara tiene pensado utiliar el Hogyoku en ellos para curarles.
Pero no logra revertir la transformación y en presentado ante la Cámara de los 46 que condena a Urahara y a Tessai. Aizen se exculpa de todo esto porque se dejó ver en el Seireitei para poder tener una cuartada y así poder incriminarles a ellos. Finalmente aparece Yourichi para rescatarlos.
Más tarde, Aizen se haría Capitán y continuaría investigando para poder transformar a los Shinigamis en Hollow y viceversa. Sobretodo se interesó en lo segundo.
Consiguió crear varios Huge Hollow que podían esconder su reiatsu. Estos Hollows atacaron al grupo de estudiantes que estaban de práctica en el mundo real. Entre ese grupo se encontraban Hinamori, Kira y Renji. Él mismo y Gin serían los encargados de derrotarlos. Desde ese día Aizen vió la posibilidad de manipularlos a los tres en un futuro y por eso, cuando se graduaron, se los llevaron a las Divisiónes de Gin y suya.
No se sabe exactamente cuando, pero Aizen estuvo un tiempo en Hueco Mundo, donde creó las Noches y un grupo de 10 Arrancar llamados Espada. A ellos les encargó la orden de buscar Vasto Lordes.
Aizen continuó experimentando y logró crear un Hollow que podía ocultar su presencia espiritual, fusionarse con otros espíritus y destruir zanpakutoh tan sólo tocándolas. Este Hollow se llamaba Metastasia y fué quien devoró a Kaien Shiba.
Sousuke acabaría enterándose de la existencia del Hogyoku y lo acaba hallando en Karakura, donde Urahara lo había implantado dentro de Rukia.
Cuando Rukia es devuelta a la Sociedad de Almas con el Hougyoku dentro de su cuerpo, Aizen manipula rápidamente a todo el mundo para elaborar su plan. Primero mata a todos los miembros de la Cámara de los 46 y empieza a cambiar la fecha de ejecución de Rukia. Después empieza a plantar sospechas por toda la Sociedad de Almas, inicialmente, hablando sobre una conspiración con Renji, tanto como con Hitsugaya, que escucha la conversación que tiene él con Gin. Más tarde, usa la habilidad de su zanpakutoh para engañar a todos y hacerles creer que había sido asesinado, además de provocar que sospechen de Gin. También hace creer a su Teniente Hinamori, que había sido asesinado por Hitsugaya, su amigo de la infancia.
A causa del tipo de ejecución de Rukia y la misma sentencia, el Gotei 13 se divide en varios frentes y los Capitanes empiezan a luchar entre ellos. Durante este tiempo, Gin se encarga de llevar a cabo el plan.pero este plan empieza a ser descubierto cuando Unohana tiene sospechas al examinar el cuerpo muerto de Aizen.
Al cabo de poco, Aizen se muestra y casi mata a su Teniente y derrota a Hitsugaya. Sin embargo, es frenado por Unohana, que ha acudido al lugar ya que sospechaba de algo. Allí es donde les revela a todos la verdadera habilidad de su zanpakutoh y les dice que tiene otro aliado, Tousen, que siempre ha sido su subordinado. A continuación se va a la cima del Houkyoku junto a Gin, donde Tousen ha llevado a Renji y Rukia.
Allí ordena a Renji que suelte a Rukia, pero el Teniente se niega. A continuación, Aizen le ataca aunque Renji consigue esquivarlo un poco, sólo quedando su brazo derecho dañado. Aizen aplaude su habilidad para esquivar y muestra felicidad por la mejora de sus habilidades, desde que era subordinado de él. Sousuke le dice que no quiere hacer las cosas más difíciles y que no le gustaría matar a un antiguo subordinado. Entonces, Abarai le pregunta por qué ha matado a Hinamori y Aizen le explica que fue un acto de compasión, ya que había entrenado a Momo para que no pudiera vivir sin él. Renji le dice que no es el Capitán que él conocía y Sousuke le replica diciéndole que él es el mismo hombre pero que nunca nadie supo quién era realmente. A continuación, Abarai ataca con su Shikai y Aizen lo bloquea con sus manos desnudas, destrozándolo fácilmente y cortando a Renji. Incluso en este estado, el Teniente se niega a soltar a Rukia y Aizen se dispone a matarlo pero, en ese momento, aparece Ichigo para frenarlo.
Ichigo hace equipo con Renji pero, incluso después de usar el ataque más fuerte del Teniente, para crear una apertura para el Shinigami Sustituto, el ataque falla estrepitosamente. Aizen, mostrando su gran poder, bloquea el ataque de Ichigo con tan solo un dedo y le hace un gran corte. Después de esto, consigue coger a Rukia y empieza a explicar sus planes. En medio de proceso, aparece Komamura que se dispone a atacarle con su Bankai, pero es gravemente herido por el Hadou 90 de Aizen.
Finalmente, Sousuke consigue remover el Hougyoku del cuerpo de Rukia, usando la información de la investigación de Urahara, que estaba escondida en la Cámara de los 46.
Sorprendido de que el procedimiento no la haya matado, como ya no tiene más uso para él, Aizen ordena a Gin matar a Rukia. Pero, en ese instante, aparece Byakuya para salvarla. Aizen se gira y está a punto de coger su zanpakutoh para eliminarlos él mismo pero, de repente, es frenado por Yoruichi. También aparece Soifon, amenazándole de matarlo si muevo un solo músculo. Gin también es atrapado por Matsumoto y, al final, todo el grupo es rodeado por los Capitanes y Tenientes del Gotei 13.
Sin embargo, Aizen se limita a sonreír y dice “ha llegado la hora”. Viendo que algo va mal, Yoruichi grita a Soifon para que se aparte, y tambié se aparta ella. De repente, Sousuke es envuelto por una luz, junto a Gin y Tousen. Yamamoto explica que esa luz se trata de “Negación”, una manera que tienen los Menos Grandes para salvar a sus aliados, y que ahora nadie puede tocar a Gin, Aizen y Tousen.
Mientras abandonan el lugar, Aizen se quita sus gafas (que se convierten en polvo) y cambia el estilo de su pelo con una mano. A continuación dice que su objetivo es levantarse en los cielos y tomar el lugar de los dioses ausentes, algo que nadie ha hecho antes. Antes de llegar al portal creado por los Menos, se despide de los Shinigamis presentes y le dice a Ichigo que es un sujeto muy interesante.
Una vez que está ahí, Aizen cambia su manera de vestir y ahora se parece más a la de los Arrancar. En un momento dado, encuentra a Coyote Starrk y Lilynette y se queda impresionado por su potencial. Le pregunta si la montaña de Hollows que tienen al lado, han sido asesinados por ellos, pero Starrk le dice que tan sólo han muerto. A continuación, le hace una oferta para que se una a su ejército y Starrk acaba aceptando.
También envía a Grand Fisher, junto a otros Hollows de alto nivel, al mundo real.
Más tarde, envía a Ulquiorra y Yammy para que encuentren a Ichigo y reporten su progreso. Después de que la misión esté completada, Ulquiorra y Yammy tienen un encuentro con Aizen y 20 Arrancars más. Ulquiorra, rompiendo su ojo izquierdo, les muestra a todos lo sucedido en Karakura. Grimmjow y sus subordinados preguntan a Ulquiorra por qué no ha matado a Ichigo, como se le ordenó y Ulquiorra les dice que Ichigo no es una amenaza para Aizen.
Un tiempo después Grimmjow y su Fracción van a Karakura para eliminar a Ichigo (sin permiso de Aizen) pero, después de perder a todos sus subordinados, Tousen acude al mundo real para llevarse a la 6ª Espada a Hueco Mundo y castigarle él mismo.
Pasado un tiempo, después de examinar los poderes de Inoue, Aizen decide iniciar otra invasión en Karakura, permitiendo a Ulquiorra que se aproveche de esta distracción para capturarla. Sousuke envía a Grimmjow, Yammy, Luppi y Wonderweiss. Finalmente, Ulquiorra tiene éxito y hace que Inoue acepte unirse con ellos y se la lleva a Las Noche, donde muestra sus poderes restaurando el brazo de Grimmjow. Aizen eplica a los Arrancars presentes que los poderes de Orihime se basan en el rechazo, cosa que le permite rechazar cualquier cosa que haya sucedido.
Aizen llama a todos los Espada para tener una reunión y los invita a tomar algo de te. Mientras los están tomando, Sousuke les explica la invasión de Ichigo, Ishida y Chad. Les dice que no tienen que subestimarlos, ya que invadieron la Sociedad de Almas, y les indica que Orihime era compañera suya y que han venido a rescatarla. En este momento, Grimmjow se levanta y pretende irse de la sala, diciendo que va a erradicar el problema de Aizen. Sin embargo, Sousuke le para y hace que se arrodille en el suelo tan sólo con su reiatsu, invitándole a sentarse otra vez en la mesa. A continuación les dice a todos los Espada que vuelvan a sus aposentos y que esperen con paciencia la llegada de los intrusos. Además les dice que no se deben preocupar por nada, ya que, con él, son invencibles.
En un momento de la historia, Loly y Menoly llevan a Orihime a la habitación de Aizen. Después de hacer salir a las dos Arrancars, Sousuke le muestra el Hougyoku y le dice que, el hecho de mostrárselo, es un signo de confianza en ella.
Después de que Ichigo y compañía lleguen a Las Noches, Aizen recibe noticias, por parte de un mensajero, de la muerte de Dordonii. Aizen no se sorprende del fallecimiento del Arrancar, pero si que lo hace por el hecho de que Ichigo lo haya derrotado. Después, con un tono algo enfadado, le pregunta al mensajero por qué ha omitio el dato de quién envió a los Exequia tras Dordonii. El mensajero no responde pero aparece Szayel y le dice que fue él. Aporro le pide disculpas y Aizen las acaba aceptando pero, cuando el Espada se dispone a abandonar el sitio, Sousuke le pregunta si la información sobre el reiatsu de Dordonii le va a ayudar en sus investigaciones, cosa que sorprende a Szayel, el cuál se limita a decir que sí y se marcha. A continuación, Ichimaru, que ha estado presente todo el rato, le pregunta a Aizen si está disfrutando, a pesar de haber perdido a varios subordinados. Sousuke confiesa que la emoción que está sintiendo en este momento, es similar a su disfrute.
Allí se encuentra con todos los Capitanes del Gotei 13. Después de un cruce de palabras con Yamamoto, el viejo libera su zanpakutoh y deja a los 3 Shinigamis traidores encerrados en un envoltorio de llamas. A pesar de esto, Aizen no parece nada procupado. Dice que no tendrán que mover ni un dedo para ganar esta batalla.